Publikace

• Chvojka, O.; Konrádová, M.; Török, J.; MEČ A ČLOVĚK Vybrané kapitoly k dějinám mečů a lidí. České Budějovice : Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Nakladatelství Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích, 2023, 2024. 4s. ISBN 978-80-7694-026-0.
• Chvojka, O.; Kuna, M.; Menšík, P.; Křivánek, R.; Němcová, A.; Šálková, T.; Beneš, J.; Budilová, K.; Kloužková, A.; Koník, P.; Kovárník, J.; Majer, A.; Metlička, M.; Novák, J.; Pavelka, J.; Prokop, V.; Strouhalová, B.; Šída, P.; Zuber, J. Rituály ukončení a obnovy. Sídliště mladší doby bronzové v Březnici u Bechyně. České Budějovice : Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2021. 447s. ISBN 978-80-261-1083-5.
• Hlásek, D.; Chvojka, O.; Šálková, T.; Fröhlich, J.; Houfková, P.; Kovačiková, L.; Majer, A.; Menšík, P.; Michálek, J.; Netolický, P.; Novák, J.; Pavelka, J.; Petřík, J.; Sosna, D. Vrcovice. Hradiště z počátku střední doby bronzové. České Budějovice : Jihočeské muzeum v Českých Budějovicích, 2015. 320s. ISBN 978-80-261-0413-1.

• Pavelka, J.; Poláková, S.; Pavelková, V.; Galeta, P. An epigenetic change in a moth is generated by temperature and transmitted to many subsequent generations mediated by RNA. PLoS One, 2024, roč.7; 19 (3). č.7, s.2024, ISSN 1932-6203.
• Král, J.; Herrera, I.; Šťáhlavský, F.; Sadílek, D.; Pavelka, J.; Chatzaki, M.; Huber, B. Karyotype differentiation and male meiosis in European clades of the spider genus Pholcus (Araneae, Pholcidae). Comparative Cytogenetics, 2022, roč.16. č.4, s.185-209, ISSN 1993-0771.
• BENES, J.; TODOROSKA, V.; BUDILOVA, K.; KOVARNIK, J.; Pavelka, J.; ATANASOSKA, N.; BUMEL, J.; FLORENZANO, A.; MAJEROVICOVA, T.; VONDROVSKY, V.; PTAKOVA, M.; BEDNAR, P.; RICHTERA, L.; KUCERA, L. What about dinner? Chemical and microresidue analysis reveals the function of late neolithic ceramic pans.. Molecules, 2021, roč.26. č.11, s.Nestránkováno, ISSN 1420-3049.
• Pavelka, J.; Šmejda, L.; Kučková, Š.; Menšík, P. Challenge to molecular archaeology—Sediments contaminated by allochthonous animal proteins. Journal of Liquid Chromatography & Related Technologies, 2020, roč.43. č.19-20, s.863-874, ISSN 1082-6076.
• Kučera, L.; Peška, J.; Fojtík, P.; Barták, P.; Kučerová, P.; Pavelka, J.; Komárková, V.; Beneš, J.; Polcerová, L.; Králík, M.; Bednář, P. First direct evidence of broomcorn millet (Panicum miliaceum) in Central Europe. Archaeological and Anthropological Sciences, 2019, roč.11. č.8, s.4221-4227, ISSN 1866-9557.
• Skálová, A.; Vanecek, T.; Martinek, P.; Weinreb, I.; Stevens, T.; Simpson, R.; Hyrcza, M.; Rupp, N.; Baneckova, M.; Michal, M.; Slouka, D.; Svoboda, T.; Metelkova, A.; Etebarian, .; Pavelka, J.; Potts, S.; Christiansen, J.; Steiner, P.; Michal, M. Molecular profiling of mammary analog secretory carcinoma revealed a subset of tumors harboring a novel ETV6-RET translocation: report of 10 cases. The American Journal of Surgical Pathology, 2018, roč.42. č.2, s.234-246, ISSN 0147-5185.
• Ptáková, N.; Miesbauerová, M.; Kosťun, J.; Grossmann, P.; Šidlová, H.; Pavelka, J.; Presl, J.; Alaghehbandan, R.; Bouda, J.; Ondič, O. Immunohistochemical and selected genetic reflex testing of all uterine leiomyosarcomas and STUMPs for ALK gene rearrangement may provide an effective screening tool in identifying uterine ALK-rearranged mesenchymal tumors. Virchows Archiv, 2018, roč.473. č.5, s.583-590, ISSN 0945-6317.
• Kučera, L.; Peška, J.; Fojtík, P.; Barták, P.; Sokolovská, D.; Pavelka, J.; Komárková, V.; Beneš, J.; Polcerová, L.; Králík, M.; Bednář, P. Determination of milk products in ceramic vessels of corded ware culture from a late Eneolithic burial. Molecules, 2018, roč.23. č.12, s.nestránkováno, ISSN 1420-3049.
• Pavelka, J.; Šmejda, L.; Hynek, R.; Hrdličková Kučková, Š. Immunological detection of denatured proteins as a method for rapid identification of food residues on archaeological pottery. Journal of Archaeological Science, 2016, roč.73. č.September 2016, s.25-35, ISSN 0305-4403.
• Čiperová, M.; Pavelka, J.; Šmejda, L. Detekce stop mléka v porézní keramice z neolitu jihozápadních Čech a otázka trávení laktózy u evropských populací v minulosti. Acta Fakulty filozofické Západočeské univerzity v Plzni, 2015, roč.7. č.2, s.193-211, ISSN 1802-0364.
• Hlásek, D.; Houfková, P.; Kovačiková, L.; Majer, A.; Novák, J.; Pavelka, J.; Bešta, T.; Šálková, T. The Use of Environmental Methods for Studying the Fortification, Economic System and Natural Environment of a Hillfort from the Beginning of the Middle Bronze Age at Vrcovice, Czech Republic. Interdisciplinaria Archaeologica – Natural Sciences in Archaeology (IANSA), 2014, roč.5. č.1, s.31-47, ISSN 1804-848X.
• Fiala, J.; Pavelka, J.; Jiří, K.; Martin, H.; Pavel, H. Changes in Internal Structure of Bronze and Iron over Time at Ambient Temperature. Advances in Materials, 2013, roč.2. č.4, s.53-58, ISSN 2327-2503.
• Pavelka, J.; Kovačiková, L.; Šmejda, L. The determination of domesticated animal species from a Neolithic sample using the ELISA test. Comptes Rendus Palevol, 2011, roč.10. č.1, s.61-70, ISSN 1631-0683.
• Pavelka, J.; Orna, J. Výsledky anylýzy potravinových zbytků na pozdně středověké keramice v Plzni. Acta FF ZČU, 2011, roč.Neuveden. č.3, s.85-98, ISSN 1802-0364.
• Pavelka, J.; Vařeka, P. Příspěvek k poznání stravy ve vrcholném a pozdním středověku : první výsledky analýzy potravinových zbytků na keramice z archeologických výzkumů.. Kuděj, 2008, roč.10. č.2, s.98-109, ISSN 1211-8109.
• Pavelka, J.; Šmejda, L. Archeogenetika domestikovaných zvířat. Archeologické rozhledy, 2007, roč.59. č.2, s.315-335, ISSN 0323-1267.

• Bednář, P.; Analýza (bio)makromolekul v archeologických nálezech a problémy kontaminace nálezů. Moderní chemická analýza v archeologii, Olomouc : Univerzita Palackého v Olomouci, 2021, s.125-211. ISBN 978-80-244-5948-6.
• Pavelka, J. Území České republiky ve vztahu k předpokládaným vícenásobným centrům domestikace prasat. Opomíjená archeologie 2005 - 2006 = Neglected archaeology 2005 - 2006, V Plzni : Západočeská univerzita, Filozofická fakulta, Katedra archeologie, 2007. s.219-232. ISBN 978-80-254-1062-2.

• John, J.; Pavelka, J. Imunologická analýza rezidua na vnitřní straně eneolitické nádobky z lokality Otmíče ? Otmíčská hora (okr. Beroun). In Opomíjená archeologie 2007-2008. Plzeň : Západočeská univerzita v Plzni, 2010. s.156-159. ISBN 978-80-7043-923-4.

• Šálková, T.; Budilová, K.; Novák, J.; Pavelka, J.; Majer, A.; Kovárník, J.; Strouhalová, B.; Vobejda, L.; Komárek, O.; Marešová, P.; Křivánek, R.; Kuna, M.; Menšík, P.; Chvojka, O.; Beneš, J. Reconstruction settlement zones. Acquisition of plant resources in the Late Bronze Age settlement area Březnice (South Bohemia) areound 1000 BC. 2022.
• Šálková, T.; Budilová, K.; Kovárník, J.; Koník, P.; Pavelka, J.; Chvojka, O.; Kuna, M.; Menšík, P. Grinding Stones as a Universal Kitchen Boardsof the Late Bronze Age. 2020.
• Čapek, L.; Plzák, J.; Těsnohlídková, K.; Slavíček, K.; Pavelka, J.; Zemancová, T. Vrcholně středověká keramika jako součást movitého kulturního dědictví – prvotní informace o projektu NAKI II realizovaném v letech 2018–2021. 2018.
• Pavelka, J.; Šmejda, L. Analýza potravin z dochovaných zbytků na keramice. 2014.
• Hlásek, D.; Šálková, T.; Kovačiková, L.; Pavelka, J. Spektrum dokladů potenciální potravy obyvatel hradiště z počátku střední doby bronzové ve Vrcovicích. 2014.
• Hlásek, D.; Chvojka, O.; Šálková, T.; Houfková, P.; John, J.; Kovačiková, L.; Majer, A.; Menšík, P.; Netolický, P.; Novák, J.; Pavelka, J.; Sosna, D. Vrcovice. Hradiště z přelomu starší a střední doby bronzové. 2013.
• Pavelka, J.; Šmejda, L. A new method for determining food remains on archaeological pottery. 2013.
• Pavelka, J. DNA and protein isolation from the 290 million year-old amphibian Discosauriscus austriacus and applications of Biotechnology in Palaeontology. Kallithea, Chalkidiki, 2007.